In hoofdstuk II van de OESO-richtlijnen worden de drie zogenoemde traditionele transactiemethoden (comparable-uncontrolled-pricemethode, resale-pricemethode en de cost-plusmethode) en de zogenoemde transactional-profitmethoden (de profit-splitmethode en de transactional-net-marginmethode ofwel TNMM) besproken. Afhankelijk van de omstandigheden dient een keuze uit één van deze vijf acceptabele methoden te worden gemaakt. (Noot 8: Zie par. 2.9 OESO-richtlijnen wanneer hiervan kan worden afgeweken.)
De Nederlandse Belastingdienst zal haar onderzoek van de verrekenprijzen altijd starten vanuit het perspectief van de door belastingplichtige gehanteerde methode ten tijde van de transactie. Belastingplichtige is in principe vrij in de keuze van een verrekenprijsmethode, mits de gekozen methode leidt tot een arm’s-length uitkomst voor de specifieke transactie. Voor bepaalde situaties zal de ene methode echter tot betere uitkomsten leiden dan een andere. Hoewel van belastingplichtige kan worden verwacht dat hij bij de keuze van een verrekenprijsmethode rekening houdt met de betrouwbaarheid van de methode voor de betreffende situatie, is het uitdrukkelijk niet de bedoeling dat belastingplichtige alle methoden beoordeelt en vervolgens onderbouwt waarom de door hem gekozen methode onder de gegeven omstandigheden tot de beste uitkomst leidt (de zogenoemde ‘best method rule’). In sommige situaties kan ook een combinatie van methoden worden gebruikt. Belastingplichtige is echter niet verplicht om meerdere methoden te hanteren. Wel zal de belastingplichtige zijn keuze aannemelijk moeten maken.
In zijn algemeenheid kan worden opgemerkt dat de comparable-uncontrolled-pricemethode in de praktijk moeilijk toepasbaar is vanwege het feit dat vergelijkbare ongelieerde transacties bijna niet te vinden zijn. In de praktijk blijkt dat, mede daarom, in veel gevallen gebruik wordt gemaakt van de TNMM als verrekenprijsmethode.
Indien er een verrekenprijsmethode (zoals de TNMM) gekozen wordt, waarbij de resultaten van de transacties van één van de gelieerde partijen vergeleken worden met de resultaten van vergelijkbare transacties van ongelieerde partijen is het uitgangspunt dat deze vergelijking plaatsvindt bij de partij met de minder complexe functies (de zogenaamde ‘tested party’, zie ook par. 3.18 van de OESO-richtlijnen). Dat zal in het algemeen niet de partij zijn die gelet op zijn functies, activa en risico’s gerechtigd is tot de opbrengsten met een sterke relatie tot de in gebruik zijnde immateriële vaste activa.