Volgens de artikelen 18, 21 en 38 BVDB 2001 kunnen belastingplichtigen in plaats van verrekening van buitenlandse bronbelasting kiezen voor kostenaftrek. De buitenlandse belasting valt dan niet onder de aftrekbeperking van artikel 3.14, zevende lid, onderdeel b, artikel 4.15, vierde lid, onderdeel b, Wet IB 2001 of artikel 10, onderdeel e, Wet VPB 1969. In het besluit van 21 juni 1996, nr. IFZ96/619 was goedgekeurd dat ook onder de toepassing van de belastingverdragen kon worden verzocht om kostenaftrek. Om kostenaftrek kan worden verzocht per land afzonderlijk. De kostenaftrek geldt voor het gezamenlijke bedrag aan buitenlandse bronbelasting op inkomsten uit dividenden, interest en royalty’s dat in een kalenderjaar uit een bepaald land wordt ontvangen. Voor de inkomstenbelasting kan echter de keuze voor kostenaftrek per box apart worden gemaakt. Uit een voorgaand jaar overgebrachte bronbelasting kan niet alsnog in aanmerking komen voor kostenaftrek. Kostenaftrek op de voet van de belastingverdragen en het BVDB 2001 is alleen mogelijk als er geen gebruik wordt gemaakt van de gezamenlijke methode (zie hierna 3.2.3). Voor landen waarmee geen belastingverdrag is gesloten (dat voorziet in de verrekeningsmethode) en welke niet kwalificeren als ontwikkelingsland, als bedoeld in artikel 6 BVDB 2001 in samenhang met artikel 2 van de Uitvoeringsregeling BVDB 2001, kan de buitenlandse bronbelasting wel als kostenaftrek in aanmerking worden genomen, als voor de overige landen wel de gezamenlijke methode van toepassing is. Bijvoorbeeld: Duitse bronbelasting die is ingehouden vóór 1 januari 2005 kan als kosten in aanmerking worden genomen (met uitzondering van de bronbelasting met betrekking tot box 3 omdat box 3 geen kostenaftrek kent). De op de kostenaftrek betrekking hebbende buitenlandse inkomsten zijn in het kader van de gezamenlijke methode uiteraard niet beschikbaar voor het tellerinkomen bij het bepalen van de tweede limiet.
Aansluiten bij de verrekeningstechniek van het BVDB 2001 betekent dat kostenaftrek ook onder de toepassing van de belastingverdragen mogelijk blijft.
