Bij omzetting van een EESV in een coöperatie is fiscaal gezien sprake van overdracht van een gedeelte van een onderneming door de leden van het EESV aan de coöperatie tegen uitreiking van een lidmaatschapsrecht in die coöperatie. Dit leidt in de inkomstenbelasting of vennootschapsbelasting tot heffing over de overdrachtswinst, zijnde het verschil tussen de waarde in het economische verkeer van het lidmaatschapsrecht en de boekwaarde van het overgedragen gedeelte van de onderneming. Tevens zal bij een dergelijke omzetting het regime inzake de desinvesteringsbetaling c.q. desinvesteringsbijtelling van toepassing zijn.
Bij ondernemers–rechtspersonen kan heffing over deze overdrachtswinst echter onder nader te stellen voorwaarden achterwege blijven, mits wordt voldaan aan de in artikel 14 van de Wet op de vennootschapsbelasting 1969 gestelde eisen. Voor de heffing van de overige belastingen, waarbij met name te denken valt aan de overdrachtsbelasting, heeft deze omzetting geen consequenties.